Voici un bout de code permettant d’afficher un custom post avec une taxonomie spécifique et d’ajouter une pagination.

Penser à bien remplacer NOM_DU_CUSTOM_POST par le nom de votre custom post, NOM_DE_LA_CATEGORIE par le nom de votre catégorie et IDENTIFIANT_DE_LA_CATEG par l’identifiant de votre catégorie.

/**** Affichage d'un custom post avec une taxonomie spécifique + pagination ****/
if(get_query_var('paged')){ $paged = get_query_var('paged'); } 
else if(get_query_var('page')){ $paged = get_query_var('page'); }
else{ $paged = 1; }
query_posts(array(
	'post_type'			=> 'NOM_DU_CUSTOM_POST',
	'posts_per_page'	=> 10,
	'order'				=> 'DESC',
	'orderby'			=> 'post_date',
	'tax_query'	=> array(
			array(
				'taxonomy'	=>	'NOM_DE_LA_CATEGORIE',
				'field'		=>	'id',
				'terms'		=>	IDENTIFIANT_DE_LA_CATEG
			)
		),
	'paged'				=> $paged,
	'suppress_filters'	=> false,
));
if(have_posts()):
	while(have_posts()) :	the_post();
		// La boucle des post
	endwhile;
	wp_pagenavi();
else:
	// Aucun post
endif;
wp_reset_query(); // Reset Query

Et voilà !